Najczęściej długotrwale utrzymujący się nieprzyjemny zapach moczu wskazuje na stany zapalne układu moczowego lub zaburzenia metaboliczne. zapach amoniaku może wskazywać na infekcje dróg moczowych (np. zapalenie pęcherza moczowego ) i schorzenia nerek. W przypadku zakażeń bakteryjnych zmienia się odczyn pH moczu z kwaśnego na zasadowy.